As mudanças no ambiente da lavoura, introduzidas pela adoção do manejo conservacionista, inevitavelmente produzem alterações na sanidade das culturas. A prática de manter os resíduos culturais na superfície do solo altera as condições de umidade e temperatura do solo e do ar perto da superfície do mesmo. Durante os primeiros estádios de crescimento das culturas, a duração do orvalho e do molhamento foliar é, geralmente, mais longo nas culturas implantadas em solos com resíduos na superfície (manejo conservacionista) que em solos desnudos. Um período mais longo de molhamento foliar pode, em certas circunstâncias, vir a favorecer a ocorrência de alguns tipos de doenças fúngicas como as ferrugens, por exemplo.

Os patógenos que mais afetam a cultura do trigo no sistema conservacionista são aqueles que, como os causantes da giberela, helmintosporiose, mancha amarela, septoriose e o mal-do-pé, entre outros, têm a habilidade de sobreviverem e de multiplicarem-se nos resíduos das culturas depois de as terem infectado quando vivas (patógenos necrotróficos). Um dos fatores mais importantes na sobrevivência destes patógenos é a presença de tecidos mortos. Como no sistema de manejo conservacionista os resíduos decompõem-se mais lentamente, estes patógenos têm alimentos disponíveis por um período de tempo mais longo e, consequentemente, o período de sobrevivência e a densidade de inóculo, em geral, são maiores sob manejo conservacionista do que sob manejo convencional (Figura 8). Outros tipos de patógenos como os causantes das ferrugens dependem exclusivamente de plantas vivas para sua sobrevivência e, portanto, não são afetados pelo manejo do solo.

Outros fatores que influem na permanência dos patógenos nos resíduos são as características saprofíticas próprias do patógeno. Por exemplo, nas condições climáticas do Rio Grande do Sul, o patógeno causante da septoriose sobrevive menos tempo na palha de trigo que o causante da helmintosporiose e que o causante da giberela; este último tem uma capacidade muito grande para sobreviver nos tecidos mortos (Figura 9). O causante da giberela é especialmente importante porque não só tem uma alta capacidade de sobreviver nos resíduos da espécie hospedeira, mas também tem capacidade de multiplicar-se e colonizar outros tecidos mortos da mesma ou de outras espécies.

Algumas doenças como a giberela, por exemplo, só podem ocorrer num estádio de crescimento específico das culturas (doenças monocíclicas). Estas doenças, em geral, são economicamente importantes quando a densidade inicial de inóculo é muito alta e as condições ambientais são favoráveis para o seu desenvolvimento. Os patógenos do tipo monocíclico geralmente são favorecidos sob manejo conservacionista, se as estruturas do patógeno que formam e liberam o inóculo para infestar as culturas, têm a capacidade de permanecer nos restos culturais. Portanto, quanto maiores as quantidades de resíduos na superfície, maior é a possibilidade da doença ocorrer.

Outros patógenos como os causantes da septoriose e da helmintosporiose do trigo e da antracnose da soja, por exemplo, podem completar vários ciclos de vida numa mesma planta (doenças policíclicas), ou seja, depois de instalado na planta, o patógeno produz uma nova safra de esporos a cada 7 a 10 dias, o que causa um aumento do inóculo. Este tipo de doença pode, mesmo partindo de baixas densidades iniciais de inóculo, alcançar proporções epidêmicas como resultado do aumento do inóculo em cada ciclo da doença. Tem-se comprovado que no sul do Brasil, a incidência destes patógenos também pode aumentar com o uso de práticas conservacionistas (Figura 10). Porém, pode acontecer que a incidência deste tipo de patógeno não seja afetada pelas práticas conservacionistas, devido a existência de outras fontes de sobrevivência destes patógenos, independente do sistema de plantio. Nem sempre sob preparo convencional os resíduos são totalmente enterrados. Neste caso, os fragmentos que permanecem na superfície propagarão os patógenos.

O comportamento dos patógenos, em geral, é bastante complexo, porque alguns deles são capazes de sobreviver em hospedeiros alternativos, tais como plantas invasoras e voluntárias. Outros podem produzir estruturas de sobrevivência e permanecer livres no solo por vários anos, de onde podem voltar a atacar quando houver condições favoráveis. Para algumas doenças como a giberela, as fontes de inóculo são tão numerosas que, geralmente, os níveis destes no ar, durante todo o ano, são bastante elevados. Nesse caso, a incidência de giberela no trigo praticamente independe do manejo do solo, do tipo e quantidade de resíduos culturais e da sequência de culturas.

As doenças causadas por vírus não deveriam ser afetadas pelo manejo dos restos culturais, ou mesmo pelo método de preparo do solo, pois os vírus são organismos que dependem exclusivamente de células vivas para a sua existência. Entretanto, alguns vírus têm acesso às plantas se transmitidos por outros organismos (vetores) como insetos, fungos ou nematóides que por sua vez podem ser afetados pelo tipo de prática agrícola. O fungo que transmite o vírus do mosaico comum do trigo (VMT), por exemplo, necessita, para sua deslocação, de um filme contínuo de água desde o solo até as raízes do trigo. A compactação do solo favorece a formação do filme de água favorecendo o deslocamento do vetor do vírus do mosaico comum do trigo. A prática continuada de manejo conservacionista tende, especialmente em solos com alto teor de argila, à compactação das camadas superficiais do solo, o que pode aumentar o risco de ocorrência do vírus do mosaico do trigo.

As medidas para controlar as doenças no sistema de manejo conservacionista não são diferentes das do preparo convencional, mas algumas delas adquirem maior importância sob manejo conservacionista. O aspecto fundamental para controlar os patógenos necrotróficos, como os que causam a giberela, septorioses e helmintosporiose, é privá-los do substrato necessário para a sua sobrevivência e multiplicação, o que pode ser obtido com o uso de sequência de culturas que não hospedem os mesmos patógenos, tanto no inverno como no verão (Figura 11). Além disso, devem ser consideradas as características dos patógenos a serem controlados; tais como a capacidade de trocar de hospedeiros, de produzir estruturas de sobrevivência, etc., as quais podem perpetuar as doenças na lavoura por longos anos. Por exemplo, o patógeno causador da rhizoctoniose ataca não só a soja, mas também as raízes de qualquer outra planta de folha larga. Portanto, é importante considerar todos estes fatores no momento de escolher um sistema de manejo conservacionista ou o sistema de rotação de culturas para uma certa área.

Outrossim, deve-se ter em mente que a prática da rotação de culturas não necessariamente erradicará o patógeno da área, pois muitos destes organismos têm uma alta capacidade de manter-se, mesmo em espécies de plantas que não são reconhecidas como hospedeiro principal. O fungo que causa a helmintosporiose do trigo, por exemplo, tem sido observado nos restos culturais de gramíneas e até mesmo da soja e outras leguminosas. Isto traz, como consequência, uma abundância de inóculo de certos patógenos no ar durante todo o ano. Portanto, é importante que a rotação de culturas seja parte de uma estratégia integrada onde também se adotem outras medidas de controle, como o uso de sementes sadias, controle de plantas invasoras e voluntárias, uso de cultivares resistentes e controle químico, quando as condições ambientais e o nível de inóculo sejam favoráveis ao desenvolvimento de uma alta incidência de doença. Por outro lado, é muito importante conhecer o nível tolerável de doença na cultura, que não traga prejuízo significativo à produção. Isto dependerá, entre outros fatores, do estádio de desenvolvimento da planta quando a doença se manifesta. Os fatores a considerar na decisão de controle serão não apenas seu custo econômico, mas também o impacto sobre o meio ambiente. A preocupação em obter-se uma cultura completamente sadia pode trazer consequências negativas para o agricultor e a sociedade, se não imediatamente, mas a longo prazo. Porém, é importante que o agricultor conheça o nível tolerável da doença na sua lavoura e considere todos os fatores envolvidos no controle, antes de decidir pelo controle químico.

É importante salientar que a incidência total de doenças nas culturas sob manejo conservacionista será nem maior nem menor do que sob plantio convencional, mas a variedade de doenças será diferente nos sistemas de manejo, porquanto as condições que favorecem o desenvolvimento de um tipo de patógeno no sistema de manejo conservacionista podem ser detrimentais para outro tipo de patógeno.